Жена Тил'ка погибает и Раек, обвинив отца в её гибели, хочет драться против гоа’улдов. Джек и Саманта запускают рискованную и непроверенную технологию, пытаясь спасти Землю от очередной атаки. В это время как Джонас Квинн пытается доказать, что он достоин, для того что бы стать членом SG-1.

Саманта и Джек на построенном земными учеными корабле попытались отбросить неуправляемые «Звёздные Врата» подальше от Земли. Они отбуксировали их на орбиту и занялись подготовкой червоточины. Тил'к и его сын Райа'к отправились уничтожать оружие Анубиса и попали к нему в плен.

На орбите Земли появляется заброшенный флагман гоа’улдов. SG-1 и Джейкоб Картер отправляются туда, для исследований. Однако, выйдя на орбиту Земли, SGC теряет управление над кораблём, и космическое судно падает в океан.

Работая на месте обнаружения «Врат» в Антарктиде, группа учёных находит под слоем льда женщину, которой около миллиона лет. SG-1 отправляются туда для исследований, однако вскоре оказываются заражены непонятной болезнью.

Джек и его симбиот ток'ра спасаются от преследования. Симбиот выскочил изо рта Джека, а Джек попал в плен к гоа’улду Ба’алу. Джек не посвящен в планы ток'ра, но Ба’ал, желая узнать их замыслы, отказался поверить в неосведомленность О’Нилла, и теперь Джека, после каждого «разговора» с Балом, оживляет саркофаг.

Люди Джонаса, просят Землю о помощи в борьбе против врагов их планеты. Они хотят использовать оружие массового поражения. SG-1 старается их удержать от этого.

SG-1 взяты в плен гоа’улдами. Группа учёных пытается организовать спасательную операцию.

Очередной переезд ток'ра на новую базу. Заминка в пути обнажила давние противоречия между джаффа и ток'ра. Джаффа не смирились с паразитизмом ток’ра, а те, в свою очередь, не приняли воинов джаффа, как равных. Убийство одного из ток'ра и одного джаффа поставило отношения союзников на грань разрыва.

SG-1 попадает в мир, где люди с помощью специального лекарства, живут без болезней. Но цена такого лекарства велика, они использую королеву гоа’улдов, для добычи основного ингредиента панацеи.

О существовании секретного проекта под названием «Прометей» узнала пронырливая журналистка. Генерал Хаммонд поручил Саманте и Джонасу ознакомить не в меру расторопную даму с проектом «Прометей» – космическим кораблем -гибридом земных и инопланетных технологий. Но у сопровождающей журналистку съемочной группы на уме далеко не экскурсия.

После инцидента на корабле — попытки захвата корабля нелегальной, правительственной группой, SG-1 попадает в далёкий участок галактики. С помощью Тора они возвращаются домой, но получают новое задание от Азгардов — починка временного устройства на одной из планет Азгардов, где находиться очень много репликаторов.

Саманта вернулась на Землю с инопланетным устройством, вскоре у Джонаса начались галлюцинации. По базе поползли существа, виденные только новым членом СГ-1. Саманта и Джек решили, что у Джонаса, как и у его бывшего преподавателя, развилась шизофрения. Но когда проходящие сквозь стены таинственные существа явились Джеку, Саманте стало понятно, что всему виной, привезенный ею прибор.

Сенатора Кинси, от которого в свое время зависела судьба проекта «Звездные Врата», застрелил таинственный убийца. На пленке, снятой на месте убийства скрытой охранной камерой, явственно запечатлелось лицо… полковника Джека О’Нилла. А в его рыбачьем домике нашли снайперскую винтовку. Кому выгодна смерть сенатора? Кто подставил полковника О’Нилла? Теперь судьба и карьера Джека в руках Саманты, Тил’ка и Джонаса, которые взялись за расследование.

Мейбурн убедил Джека, Саманту, Джонаса и Тил’ка отправиться на планету для изучения загадочного устройства. Оказавшись на чужой планете, Мейбурн выстрелил в Саманту и попытался удрать через межпространственный портал, созданный изучаемым прибором. Джек вцепился в беглеца, и они вместе оказались на совершенно незнакомой планете. Вскоре к ослепляющему тропическому солнце и одиночеству присоединилась локальная война между Джеком и Мейбурном.

Поспешив на помощь жителям одной деревеньки, SG-1 и русская SG команда оказались в плену у Гоа’уда Ниирти, печально известной своими генетическими экспериментами. В вечных поисках идеального носителя Ниирти занялась «коррекцией» человеческой ДНК. Как и жители деревни, SG команды превратилась в объект экспериментов Ниирти, Саманта - вторая на очереди. Но созданные мутации оказались нестабильными, первый из подопытных погиб, Саманта следующая.

Генерал Хаммонд с разрешения Пентагона пригласил представителей мировых держав на совещание, где объявил о существовании «Звездных Врат». Скептицизм, недоверие и сомнение - вот самый скромный перечень эмоций, выплеснувшихся на генерала Хаммонда и его коллег. Пытаясь погасить враждебность гостей, сенатор Кинси рассказал о героической команде SG-1, множество раз спасавшей Землю от гибели.

На планете, куда никогда не ступала нога человека, Джек нашел обрывок фотографии. Вскоре SG-1 наткнулись на потерпевший крушение космический корабль и познакомились с оставшимися в живых пассажирами. Саманта предложила помочь отремонтировать корабль, но ситуация осложнилась, когда на корабль напали странные гуманоидные существа, вооруженные современным оружием. Что скрывается под крушением корабля, почему спасшиеся люди любой ценой стремятся уничтожить инопланетных существ?

Ночные кошмары с главным действующим лицом – Апофисом - замучили Тил’ка. Но пробуждение оказалось гораздо тяжелее, чем сон. Наяву - сошлись в одном времени две реальности Тил’ка. В первой реальности он – отважный пожарник, вытаскивающий людей из огня, а во второй – член SG-1, путешествующий на другие планеты через «Звездные Врата». Два мира переплелись причудливым образом, так крепко, что уже не понять, где, правда, а где вымысел.

Очередное испытание «Прометея» закончилось неудачей, после затяжного гиперпрыжка отказала система энергоснабжения. SG-1 с командой корабля застряли в космосе на расстоянии десятков световых лет от Земли. Единственный шанс вернуться домой – найти ближайшую планету с «Звездными Вратами» и доставить через них оборудование и запчасти необходимые для ремонта.

Джонас начал видеть будущее. Доктор Фрейзер после нескольких тестов обнаружила у него быстрорастущую опухоль мозга. Джонаса заинтересовали свои новые способности, и он спешит с операцией, особенно, когда его видения могут предотвратить гибель друзей. Первая попытка - уберечь Саманту от травмы – провалилась. По настоянию Джонаса Саманту отстранили от операции, а ее ранило взрывом лаборатории на базе «Звездных Врат». Теперь в видении Джонаса гибнут Джек и Тил’к. Можно ли изменить будущее?

Джек застрял на базе в лифте и ему явился… Дэниэл, который сообщил о готовящемся нападении Анубиса на Абидос и попросил Джека о помощи. Остановить Анубиса может только Глаз Ра - древний артефакт, спрятанный на Абидосе. Джек, Саманта, Джонас и Тил’к в компании с бестелесным Дэниэлом отправились на поиски артефакта. Но Анубис не дремлет, отряды Джаффа осадили пирамиду, в которой укрылись SG-1.