Джонас Квинн, изучив письмена с Абидоса, вычислил местонахождение Затерянного города — SG-1 отправились на поиски легендарного города Древних и оружия против Анубиса, а нашли… доктора Дэниэла Джексона, безмятежно живущего среди местных жителей. Он жив, но не помнит кто он и свою предыдущую жизнь на Земле — Джек, Саманта и Тил'к для него лишь призраки забытого прошлого.

Гоа’улды узнают о том, что на родной планете Джонаса имеется наквадриум, и готовят нападение. Квинн отправляется домой, что бы попробовать защитить свою родную планету.

В SGC приходит подросток, заявляя, что он полковник О'Нилл и просто однажды утром проснулся молодым. Оставшаяся команда не на шутку волнуется за своего взрослого командира, который куда-то пропал.

Бра'так и Раек оказываются в гоаулдском плену. Тил'к и остальная часть команды должны всем рисковать, что спасти своих друзей.

Во время своего следующего задания SG-1 попадают на космический корабль, полный находящимися в крионическом сне пришельцами. Некоторые из них погибли, но их сознания всё ещё живы в памяти компьютера. Один из таких пришельцев вселился в Дэниэла.

Команда SG-1 приходит на помощь к команде геологов, которые занимаются добычей важного элемента — наквада, когда узнают о том, что на планете где добывается этот минерал присутствую Унасы. Дэниэл обращается к старому другу за помощью.

Представители инопланетной расы просят помощи у SGC, чтобы добраться до финишной линии регаты космических кораблей. Картер соглашается на предложение пришельцев, но во время самого соревнования, SG-1 узнаёт о том, что один из игроков умышленно саботировал все корабли гонки.

Как помешать гоа’улдам передвигаться через «Звёздные Врата»? Всего-навсего, заразить вирусом наборной устройство «Врат» — очередная гениальная идея доктора Фельгера. В компании с Самантой Картер Фельгер написал вирус и загрузил его (на пробу!) в наборное устройство планеты P5S-117 — любимая планета гоа’улда Ба’ала. Но неожиданно вредоносная программа начала заражать одни «Звёздные Врата» за другими, и Джек, Дэниэл и еще двенадцать SG отрядов застряли на других планетах.

SG-1 нашли лагерь женщин Джаффа, бежавших от Гоа’улда Молока. Чтобы выжить, им нужны симбиоты, которых приходится добывать, нападая на отряды Джаффа, служащих другим Гоа’улдам. Но рано или поздно Гоа’улды обнаружат лагерь, и тогда его обитателей ждет смерть. Тил'к предложил им покончить с нападениями и использовать вместо симбиотов третонин.

Дэниэл вместе с ещё одним археологом, при поисках древнего устройства попадают в плен к террористам в джунглях Гондураса. Тил'к , Картер и Джекоб отправляются на опасную миссию на главную станцию Анубиса, что бы предотвратить клонирование супер солдатов.

Саманта, Тил'ка и Джекоб пробрались на секретную фабрику Анубиса, где уже поставлен на поток выпуск непобедимых гибридов. А Джек отправился спасать Дэниэла из лап гондурасских повстанцев.

Пришельцы захватили экипаж «Прометея», только Саманте по счастливой случайности удалось избежать плена. Нужно как можно быстрее вернуть экипаж и покинуть туманность, разъедающую оболочку корабля. Поддержать Саманту пришли Джек, Дэниэл, Джекоб, жаль только, что они всего лишь игра воображения изнемогающей от усталости Картер.

Джонас Квинн обращается к Земле за помошью. На его родной планете — Келона, в любой момент может произойти цепная реакция большого количества Наквадриума (Тяжёлой наквады). Саманта Картер отправляться на Келон-у , что бы принять участие в специальной мисси по предотвращению этой катастрофы.

Постоянно повторяющийся сон Дэниэла так похож на реальность, знакомство с Сарой, университетская лаборатория, изучение древних символов уносят его в прошлое. Только откуда в его снах письмена Древних? Почему Сара в его снах хочет узнать координаты города Древних?

Гибрид Анубиса атаковал секретную базу землян, расположенную на одной из открытых планет. Спасательный отряд опоздал, большая часть персонала погибла, Джекоб Картер тяжело ранен, а Саманта пропала. На ее поиски отправились Джек О’Нилл и непобедимый анубисовский солдат.

В SGC допущена съёмочная группа c целью документации работы SGC. Главный репортёр берёт интервью у каждого члена команды, но не всё так просто, как это кажется на первый взгляд.

Гибель человека во время спасательной миссии повлекло за собой служебное расследование. А настырный журналист узнал, что у Дэниэла Джексона есть запись с шокирующими кадрами.

Эксперименты в секретной NID лаборатории закончились гибелью персонала. Саманту и Дэниэла попросили провести расследование. Какого же было их удивление, когда они узнали, что в лаборатории создали гибрид Человека с гоа’улдом.

Новый президент США с огромным удивлением узнал о существовании программы «Звёздные Врата». Теперь от политического курса зависит дальнейшая судьба межпланетных путешествий.

В структуре командования SGC происходят изменения, Генерал Хамонд отправляется к президенту для получения нового задания. SG-1 обнаружив библиотеку древнейших вынуждена взорвать устройство — хранилище знаний древнейших, из-за приближающихся джаффа воинов Анубиса. О`нилл вынужден ещё раз загрузить библиотеку древнейших.

Получив от Джека координаты, SG-1 в очередной раз отправились на поиски города Древних. Нужно торопиться, Анубис уже окружил Землю и нанес первый удар, демонстрируя свою огневую мощь. Земляням нечего противопоставить кроме «Прометея», но его решено приберечь на крайний случай. В руках SG-1 ключик к разрушительному оружию Древних, только где спрятана дверь?