Для того, чтобы установить новый мод, необходимо распаковать скачанный архив в папку:

Для оригинальной игры Sins of a Solar Empire - Закат Солнечной Империи:
Windows XP
C:\Documents and Settings\Имя пользователя\Local Settings\Application Data\Ironclad Games\Sins of a Solar Empire\Mods-v1.191\

Windows Vista \ Windows 7
C:\Users\Имя пользователя\AppData\Local\Ironclad Games\Sins of a Solar Empire\Mods-v1.191\

Для аддона Sins of a Solar Empire: Entrenchment - Закат Солнечной Империи. Последний рубеж
Windows XP
C:\Documents and Settings\Имя пользователя\Local Settings\Application Data\Ironclad Games\Sins of a Solar Empire\Mods-Entrenchment v1.051\

Windows Vista \ Windows 7
C:\Users\Имя пользователя\AppData\Local\Ironclad Games\Sins of a Solar Empire\Mods-Entrenchment v1.051\

Для аддона Sins of a Solar Empire: Diplomacy / Trinity - Закат Солнечной Империи. Новая война
Windows XP
C:\Documents and Settings\Имя пользователя\Local Settings\Application Data\Ironclad Games\Sins of a Solar Empire\Mods-Diplomacy v1.011\

Windows Vista \ Windows 7
C:\Users\Имя пользователя\AppData\Local\Ironclad Games\Sins of a Solar Empire\Mods-Diplomacy v1.011\

Не забудьте указать в пути вместо "Имя пользователя" свою информацию.

Оригинальная игра запустится сразу с модом.
В обоих аддонах моды необходимо включать в настройках.
Запускаем необходимую версию игры, заходим в "Настройки" -> "Моды".
Выбираем из доступных нужный мод и нажимаем кнопку "Включить мод".
Дальше действуем как при обычной игре.